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神经性头痛的原因和类型较多，有些通过脑CT能够检测出，而有些则检测不出。偏头痛属于功能性的神经血管性头疼，通过脑CT查不出来。由于脑内缺血、脱髓鞘样改变和肿瘤等引起的神经性头痛可以通过脑CT查出来。CT没有MRI敏感，只能查出比较明显的，如三叉神经瘤：在三叉神经区域能够看到梭形或葫芦状的肿块并且有囊变，增强以后除囊变区域以外明显强化，可以通过手术治疗。