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胃间质瘤治疗应采取以手术为主的综合治疗方式。手术时需将间质瘤切除，中度恶性间质瘤约2-4cm，高度恶性间质瘤＞5cm，中度恶性或高度恶性间质瘤患者，即便进行彻底手术，仍可复发、转移。因此，术后需及时预防、定期复查，通过密切随访、观察，提前发现复发迹象，及时处理。必要时胃镜下再次切除。如体积较大，治疗方式仍采取以手术为主的综合治疗，切除复发病灶达到最好治疗效果。复发肿瘤患者若无法通过手术切除，可采用特殊药物进行治疗，使肿瘤缩小甚至可消失。