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肥胖症微创手术禁忌症同普通外科或胃肠外科手术禁忌一样，如严重的心脑血管疾病，急性感染，精神性问题等。大多数患者适宜接受减重代谢手术，术前需经过严格评估，继发内环境紊乱、严重高血压、血糖异常、严重睡眠呼吸暂停是手术的相对禁忌，通过调控血压、血糖相对稳定后再手术；继发严重睡眠呼吸暂停，术前接触呼吸机治疗，纠正身体低氧和二氧化碳潴留状态。