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输尿管结石绝大多数来源于肾脏。也可能因输尿管肿瘤、憩室、异物等诱发因素引起尿潴留，进而导致结石。但这种原发性输尿管结石，在临床上比较少见。病因与肾结石基本相同，主要与饮食和代谢有关。如菠菜中的草酸成分比较高，可引起草酸代谢异常，海鲜、啤酒等含嘌呤成分较高，可引起嘌呤代谢异常，从而导致草酸结石和尿酸结石的发生。