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肝内胆管细胞癌的疾病恶性度很高，预后相对较差，与肿瘤发现的早晚及治疗的情况有关，若没有经过有效的治疗，生存期很难超过3年。若早期发现经过早期治疗，有效的切除病灶，则3年生存率可以达到30-40%。此外预后与疾病的病理特点有关，腔内生长型的预后较好，肿块型次之，管周浸润型的预后最差。