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临床上部分慢性萎缩性胃炎患者无任何临床症状，因此难以获得确切的发病率。据2004年中华医学会组织的一个多中心、大样本的流行病学调查，8000余例有上消化道症状的患者中，经胃镜检查诊断为慢性萎缩性胃炎者约为17%，经病理诊断为慢性萎缩性胃炎者高达50%。因此，说明慢性萎缩性胃炎的发病率相对较高，且胃镜下诊断和病理诊断存在一定的差异性。