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肛瘘的治疗方法主要为手术治疗，主要手术方式有两种：肛瘘瘘管切除术和挂线术。单纯性低位肛瘘，如没有经过肛门括约肌，可单纯行瘘管切除术或瘘管缝合；如果肛瘘通过肛门括约肌，切除以后可能导致肛门失禁，可选择挂线治疗。目前还有一种正在研究中的治疗方式，称为瘘管填塞术，即在肛瘘瘘管中注射凝胶试剂，堵塞肛瘘。但此方法目前应用尚不广泛。