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孤独症主要的发病原因是遗传因素，如母亲怀孕期间不良因素导致在基因复制过程中出现了基因突变等。其次外界因素，如环境、食物污染等，也会造成孕期不利因素，导致疾病产生。另外父亲年龄偏大或者是母亲孕期间年龄偏大，亦会增加发病率。