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小儿肛瘘不建议打疫苗，小儿肛瘘的发生与小儿免疫功能有关。打疫苗也是一个免疫反应，肛瘘在感染状态下不适合打疫苗。如果小儿出现肛瘘需要进行两方面的检查：一方面是免疫功能的检查，另一方面要进行肛门功能检查，看体内的感染因素是否严重。