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肛瘘手术费用目前无统一标准，一般在10000-15000元。与肛瘘类型、病情轻重、检查项目、手术方式、手术器械、麻醉方式、报销比例等有关。高位肛瘘需要做测压、B超检查，甚至核磁，费用相对较高；低位肛瘘一般不用特殊检查，费用相对较低。建议在医生指导下，根据自身病情选择适合的手术方法。