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肛瘘根据瘘管的数量可分为单纯性肛瘘和复杂性肛瘘，单纯性肛瘘只有一个瘘管，复杂性肛瘘有多个瘘口和瘘管。根据瘘管位置的高低可分为高位肛瘘和低位肛瘘，高位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以上，低位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以下。一旦确诊肛瘘，须尽快手术治疗。