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经颅磁的治疗是通过一个无创性的治疗探头，刺激大脑的某个区域出现改变，通过磁场的作用可以改变大脑细胞的活性或者稳定性。同时经颅磁治疗可以通过刺激的作用，反复刺激以后改变大脑神经递质的分布，可以让兴奋性神经递质，包括谷氨酸等水平有所平稳，异质性神经递质的水平有所上升，使神经递质达到平衡状态。所以经过经颅磁的刺激作用以后，可以治疗癫痫，也可以治疗小孩的抽动症。还可以作用于部分神经衰弱的患者。因为此治疗具有安神的作用，可以改善睡眠，也可以治疗失眠。同时还可以治疗情绪问题，包括抑郁症、强迫症等。通过经颅磁刺激的治疗，使机体神经递质处于稳定状态，可以促进5-羟色胺的分泌，可以治疗抑郁症进而改善情绪。且经颅磁的治疗对大脑的清醒程度会有所改善，具有激励或者保健的作用。所以经颅磁刺激是通过神经递质的重新分布和平衡，而达到静脑的作用。