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滤泡性结膜炎主要见于病毒和细菌感染，治疗病毒的时间较长，治疗需要10-14天，因为临床上抗病毒药物只能起到抑制作用，而不能起到根治作用。而临床有完全可以杀死细菌的药物，细菌性结膜炎通过药物治疗，通常7-14天能达到临床治愈。药物刺激如滴依色林或散瞳剂，包括阿托品，也会引起滤泡性结膜炎。结膜组织属于透明黏膜组织，结膜下组织为纤维性结缔组织，具有丰富的淋巴及血管，病毒感染后会引起较强的免疫反应，眼睛表面会引起明显的刺激症状，表现为眼睛有异物感，为结膜炎表现。