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检查性激素六项最好的时间是在月经的2-4天。一般进行性激素检测分为卵泡期、分泌期、月经期等阶段，月经周期不同，激素水平相差较大。一般在月经期进行性激素检查，因为其反映基础内分泌水平状态，可更好了解基本情况，如是否存在多囊卵巢或雌激素水平降低等，均可通过检查得到较好结果和判断效果，所以这时进行最好。但若需检查黄体功能，月经的2-4天不太好，可以在下次月经前1周左右进行检查，可以更好反映黄体水平。