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男性尿液出现深褐色，可能是泌尿系统的血尿，需要查尿常规以明确尿中红细胞水平，如果尿中红细胞水平超标，就可以确诊为血尿。确诊血尿后，还需要进一步明确血尿的原因，同时要考虑患者的伴随症状进行明确诊断，具体如下：1、泌尿系统肿瘤：如果患者仅表现为血尿，没有任何伴随症状，这是无痛性血尿，需要警惕是否是泌尿系统肿瘤，常见有膀胱癌、前列腺癌、肾盂癌、输尿管癌。需要进一步做相关的影像学检查，例如B超、CT、核磁，还需要进行内镜检查，包括膀胱尿道镜、输尿管镜；2、泌尿系统感染：如果患者出现血尿的同时还伴有尿频、尿急、尿痛的症状，参考尿常规中白细胞水平超标的现象，就可以确诊为泌尿系统感染，可以采用敏感的抗生素进行治疗；3、泌尿系统结石：如果患者出现血尿，还伴有腰腹部剧烈疼痛，则需要警惕是否是泌尿系统结石。这时需要做B超和CT来明确诊断，诊断后可以根据结石的大小采用不同的治疗方法，包括药物排石、体外冲击波碎石和手术治疗。