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室间隔增厚可以应用普利类药物、沙坦类药物，或沙坦类药物和沙库巴曲合剂、β受体阻断剂、醛固酮抑制剂合用。因为室间隔增厚，与RAAS系统活性和交感神经系统活性有关，由于神经内分泌激活，导致室间隔肥厚，上述药物能够阻断RAAS系统活性和交感神经系统活性，如普利类药物能够阻断血管紧张素酶活性，减少产生血管紧张素Ⅱ，血管紧张素Ⅱ受体拮抗剂，即沙坦类药物以及沙坦类沙库巴曲合剂，都能够抑制室间隔继续增厚，抑制左室重构的进展。在临床上发生室间隔肥厚比较多的疾病，是肥厚型心肌病、梗阻和非梗阻性心肌病、缺血性心肌病，通常缺血性心肌病的缺血心肌会变薄，但其他心肌会代偿性增厚。如果患者室间隔部位之外的心肌发生梗死，室间隔同样会出现代偿性增厚。