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新生儿注射乙肝疫苗基本无反应，90%以上或者更高的几率都没有异常反应。只有极少数新生儿注射乙肝疫苗会出现低烧，一般在37℃左右或稍高，基本不会＞38℃，可能还会出现注射部位红肿。乙肝疫苗是出生后就注射，安全性比较高，多数新生儿没有异常反应。除本身患基础疾病，如先天性免疫功能缺陷，此时注射乙肝疫苗后会有反应。目前比较严重的不良反应几乎不存在，如血管减少、急症等。因为是新生儿，刚接触外界环境，因此会出现其他反应，但并不是乙肝疫苗注射所引起。因此需要注意区分是乙肝疫苗或自身疾病所导致。