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功能性消化不良较难根治。功能性消化不良的发生原因与很多因素相关，如胃肠可能有动力障碍，可能会有胃排空延迟，内脏神经可能会比较敏感，可能会有幽门螺杆菌感染，通常可能还会合并有焦虑、抑郁情绪，可能还会有劳累、工作压力或外部环境等方面的多种因素影响。 所以，功能性消化不良根治比较困难，容易复发。如果患者能够接受正确治疗，并且能够尽量调整自己的情绪、压力等环境因素等，功能性消化不良的症状在相当长的一段时间内可以得到控制。